Η διαδικασία της βιοψίας περιλαμβάνει τη λήψη βιολογικού υλικού προς εξέταση υπό το μικροσκόπιο για την καθορισμό της φύσης διαφόρων βλαβών.Υπάρχουν διάφορες μέθοδοι λήψης βιοπτικού υλικού. Στο μαστό οι συχνότερες είναι η βιοψία με λεπτή βελόνη (FNAC), η βιοψία με χοντρή βελόνη (core biopsy – trucut), η βιοψία εκτομής (περιλαμβάνει μικρής έκτασης χειρουργείο υπό γενική αναισθησία με πλήρη εκτομή της βλάβης) και η βιοψία του δέρματος τύπου punch. Η βιοψία λεπτής βελόνης είναι μία γρήγορη διαδικασία, απαιτεί μόνον μία κοινή σύριγγα και δεξιοτεχνία από την πλευρά του ιατρού, μπορεί να γίνει με οδηγό ψηλάφηση (free hand) ή υπό υπερηχογραφική καθοδήγηση (US guided) και αποδίδει ως υλικό κύτταρα προς μικροσκοπική εξέταση από κυτταρολόγο.

Είναι η μέθοδος εκλογής για υγρά βιοπτικά υλικά (πχ αναρρόφηση κύστης) και προτιμάται σε περιπτώσεις που η βιοψία με χοντρή βελόνη είναι τεχνικά δύσκολη ή αδύνατη. Είναι κοινή μέθοδος για τη βιοψία των λεμφαδένων, καθώς είναι μέθοδος ελάχιστα παρεμβατική με μικρές πιθανότητες τραυματισμού. Η βιοψία χοντρής βελόνης πραγματοποιείται μέσω μίας πολύ μικρής τομής στο δέρμα, ακριβώς πάνω από τη βλάβη, υπό τοπική αναισθησία με ειδική βελόνα που έχει τη δυνατότητα να αποδώσει ιστοτεμάχια προς μικροσκοπική εξέταση από τον παθολογοανατόμο. Είναι η μέθοδος εκλογής για όλες τις αλλοιώσεις του μαστού. Ωστόσο, σε κάποιες περιπτώσεις μπορεί να είναι τεχνικά δύσκολη ή με μεγάλο βαθμό επικινδυνότητας λόγω εκτίναξης της βελόνης κατά τη συλλογή του υλικού.

Μπορεί και αυτή να γίνει με οδηγό ψηλάφηση ή υπό υπερηχογραφική καθοδήγηση αναλόγως τη φύση και τη θέση της βλάβης. Είναι μεγαλύτερης διαγνωστικής ακρίβειας από αυτήν με λεπτή βελόνη εξαιτίας του γεγονότος πως παρέχει ιστό κ όχι μόνον κύτταρα. Η βιοψία με χοντρή βελόνη αποτελεί πραγματικά το δεξί χέρι του χειρουργού μαστού για την περαιτέρω διαχείριση των βλαβών του μαστού καθώς παρέχει τον πιο αξιόπιστο τρόπο ταυτοποίησής τους. Η βιοψία εκτομής δεν είναι τίποτε άλλο από μία χειρουργική επέμβαση που στόχο έχει την καθολική εξαίρεση της βλάβης, δεν απαιτεί, όμως, την αφαίρεση αυτής με εκτεταμένα πέριξ όρια αφού συνήθως γίνεται σε αταυτοποίητες βλάβες (βλάβες χωρίς ιστολογική επιβεβαίωση). Δεν αποτελεί επιλογή ρουτίνας, καθώς η προσέγγιση από πλευράς χειρουργικής ογκολογίας απαιτεί την εξαίρεση βλαβών επί ικανών υγιών ορίων, συνεπώς και την ταυτοποίησή τους πριν οποιαδήποτε χειρουργική παρέμβαση. Ωστόσο, χρησιμοποιείται ακόμη κυρίως στην περίπτωση βλαβών που αφαιρούνται προληπτικά, όπως είναι τα ινοαδενώματα (καλοήθη νεοπλάσματα του μαστού) τα οποία μπορούν να χαρακτηριστούν απεικονιστικά με σχετική επάρκεια προκειμένου η ασθενής να προχωρήσει σε χειρουργείο. Η βιοψία δέρματος τύπου punch εκτελείται σε συγκεκριμένες περιπτώσεις υποψίας βλάβης που επηρεάζει ή αφορά στο δέρμα του μαστού, της θηλής ή της θηλαίας άλω.

Μία τέτοια βλάβη μπορεί να είναι, για παράδειγμα, η νόσος Paget που αποτελεί μια προκαρκινωματώδη κατάσταση και αφορά στο σύμπλεγμα θηλής και θηλαίας άλω.Γίνεται με ειδικού τύπου εργαλείο που διατίθεται σε καλίμπρες διαφόρων διαμετρημάτων και στόχος είναι η λήψη βιοπτικού υλικού που περιλαμβάνει το πλήρες πάχος του δέρματος. Το υλικό που προκύπτει εξετάζεται υπό το μικροσκόπιο από τον παθολογοανατόμο και μας παρέχει πληροφορίες που καθορίζουν την περαιτέρω αντιμετώπιση.